Jika Amerika Serikat mengabaikan COVID-19 di Nigeria, kami mengabaikan pengawasan genom kami yang berbahaya dan global. Komunikasi Alam..

Studi ini menemukan upaya global untuk melacak varian yang secara signifikan tidak dilaporkan pada awal 2021 di Nigeria, varian yang berpotensi ditakuti, Eta. Bagian bumi lainnya.

Meskipun Nigeria adalah negara terpadat ketujuh di planet ini, hanya sedikit data urutan virus yang tersedia dari Nigeria hingga awal penelitian ini. Kekhawatiran tentang kesenjangan dalam pengawasan ini adalah potensi munculnya varian baru di tempat-tempat di seluruh dunia yang belum pernah kita lihat. Jika varian baru dengan sifat unik tiba-tiba muncul di panggung dunia, Anda tidak ingin jatuh ke dalam keadaan tidak siap. “

Judd Hartkisto, Penulis Penelitian Kolaboratif, Profesor Kedokteran, Divisi Penyakit Menular

Hultquist juga merupakan Wakil Direktur Pusat Genomik Patogen dan Evolusi Mikroba (CPGME).

Judd Hartkisto, Profesor Kedokteran di Departemen Penyakit Menular, Wakil Direktur Pusat Genomik Patogen dan Evolusi Mikroba (CPGME).

“Studi ini merupakan kebutuhan penting untuk kerja sama internasional dalam pengawasan penyakit menular di daerah-daerah yang kurang sampel untuk pemantauan dan” peringatan dini “deteksi mutan SARS-CoV-2 baru yang berpotensi.”, Kata Asisten Profesor Ramon Lorenzo-Redondo. Fakultas Kedokteran Penyakit Menular, Direktur Bioinformatika CPGME, dan Rekan Penulis Penelitian.

Para ilmuwan di Universitas Northwestern telah mengurutkan hampir 400 usap hidung dari pasien dengan COVID-19 di Nigeria. Itu dikumpulkan oleh Moses Adewumi, PhD, dan timnya di Universitas Ibadan, yang mengirimkan spesimen ke Northwestern untuk pengurutan dan analisis. Ilmuwan Ibadan belum memiliki peralatan atau sumber daya untuk mengurutkan sampel di institusi mereka.

“Apa yang kami temukan benar-benar tidak terduga,” kata Hartkisto.

“Kesenjangan pemantauan membuat kita rentan.”

Para peneliti di barat laut telah menemukan dua varian virus yang berbeda, yang muncul pada waktu yang berbeda di Nigeria tetapi jarang dilaporkan.

“Kami telah menunjukkan bahwa salah satu varian ini (sekarang disebut Eta oleh Organisasi Kesehatan Dunia) memiliki semua karakteristik varian yang menjadi perhatian,” kata Hultquist. “Peaplomer varian Eta lebih efisien dalam mempromosikan infeksi in vitro dan meningkatkan penghindaran virus dari respon antibodi penetralisir setelah infeksi spontan. Selain itu, Eta sebelum kedatangan Delta. Kami mampu mengalahkan varian alpha di area ini. .

“Ketika Alpha beredar, itu menjadi perhatian utama otoritas kesehatan masyarakat dan dilaporkan secara luas di media, tetapi di Nigeria dan negara-negara Afrika Barat lainnya Eta lebih penting dan Alpha di area ini. Jenis celah dalam pengawasan ini membuat kita rentan. Berapa lama kita mengambil risiko kehilangan varian penting sampai mereka sudah ada di sini? Apakah Anda?”

Beberapa varian lain yang menjadi perhatian, termasuk beta dan omicron, diduga berasal dari Afrika, menekankan pentingnya pemantauan area yang kurang sampel ini. Ilmuwan Afrika Selatan telah mengidentifikasi varian Omicron lebih awal dan memperingatkan bahwa itu adalah varian yang menjadi perhatian baru dan bisa siap untuk negara lain.

“Mereka benar sekali,” kata Hartkisto.

Apa yang membuat jenis virus SARS-CoV-2 yang ditemukan di Nigeria berbeda dari bagian dunia lainnya adalah apa yang tidak sepenuhnya dipahami oleh para ilmuwan di wilayah yang mendorong evolusi varian unik ini.

Nigeria memiliki dinamika virus yang sangat berbeda. Mengapa?

Babafemi Taiwo, MBBS, Kepala Penyakit Menular, Sarjana Kedokteran, dan Profesor Kedokteran, Gene Stollerman.

“Dalam penelitian ini, kami mengamati perluasan berulang dari jenis yang langka di seluruh dunia di Nigeria, yang menunjukkan dinamika virus yang sangat berbeda yang terjadi di Nigeria dibandingkan dengan bagian lain dunia,” kata Lorenzo-. Redondo.

Negara ini melaporkan rawat inap yang relatif rendah dan kematian yang rendah selama pandemi, meskipun tingkat vaksinasi rendah dan populasi lebih dari 200 juta. Rendahnya jumlah kasus dan rawat inap mungkin karena underreporting, tetapi jumlah kematian diyakini lebih akurat. Bagian dari angka kematian yang rendah ini bisa jadi adalah populasi keseluruhan Nigeria yang lebih muda.

“Fakta bahwa kami telah melihat varian aneh yang muncul berulang kali di Nigeria menunjukkan bahwa virus itu ada di sana dan cukup untuk berevolusi secara aktif,” kata Hartkisto.

Untuk mengidentifikasi varian mana yang bisa menjadi masalah, para ilmuwan mengandalkan berapa kali mereka melihatnya dan apakah itu terkait dengan peningkatan kasus, rawat inap, atau kematian. Namun, ketika varian muncul di Nigeria, di mana ada beberapa urutan, para ilmuwan dapat melewatkan tanda-tanda peringatan dini. Pada saat menyebar ke seluruh dunia, sudah terlambat, kata Hartkisto.

“Kita harus mulai memperlakukan pandemi ini sebagai pandemi yang benar-benar global,” kata Hultquist. “Studi ini menunjukkan bagaimana kurangnya upaya pengawasan genomik global yang berdedikasi menghasilkan data bias dengan potensi risiko. Untuk menginformasikan praktik terbaik dalam perawatan klinis dan kebijakan kesehatan masyarakat. Penting untuk memahami mutasi baru apa yang terjadi.”

Mengumpulkan sampel dari Afrika Barat saat ini sangat sulit

Namun, banyak negara berpenghasilan rendah dan menengah membutuhkan lebih banyak dukungan. Pekerjaan yang diperlukan untuk mendapatkan sampel Nigeria menghadirkan tantangan khusus untuk tugas-tugas ini. Para peneliti di Ibadan harus melakukan perjalanan ke Lagos, kota terbesar di negara itu, untuk mendapatkan es kering, yang dapat menyebabkan mengemudi di jalan yang kasar selama empat hingga sepuluh jam. Setelah mereka kembali untuk mengemas sampel ke dalam es, mereka harus berkendara kembali ke Lagos dan melakukan total empat perjalanan yang seringkali sulit untuk mengirim mereka ke Amerika Serikat.

Dengan peningkatan akses ke peralatan pengurutan, bahan habis pakai, dan pelatihan, lebih banyak pemantauan dapat dilakukan di Nigeria. Membangun kapasitas untuk jenis pekerjaan ini di negara lain terus menjadi tujuan utama Pusat Genomik Patogen dan Evolusi Mikroba dan Institut Kesehatan Global Feinberg.

Penelitian ini dapat terlaksana berkat kerjasama jangka panjang antara Universitas Northwestern dan Universitas Ibadan. Itu dipimpin oleh Babafemi Taiwo, MBBS, Kepala Penyakit Menular di Fakultas Kedokteran dan Profesor Kedokteran di Gene Stollerman.

Penulis Northwest lainnya termasuk Egon Ozer, MD, PhD, ’08 ’12 GME, Associate Professor of Medicine di Divisi Penyakit Menular, Direktur CPGME, Taiwo, Lacy Simons, Taylor Dean, Mamoudou Maiga, MD, PhD, dan Peneliti. Profesor Kedokteran Pencegahan di Institut Teknik McCormick dan Departemen Epidemiologi dan Pencegahan Kanker.